Το ΠΜΣ του Τμήματος Γερμανικής Γλώσσας και Φιλολογίας αποσκοπεί στην παροχή γνώσεων υψηλού επιστημονικού επιπέδου και την παραγωγή πρωτότυπου ερευνητικού έργου. Οι μαθησιακοί στόχοι του προγράμματος σπουδών του ΠΜΣ "Γερμανική Φιλολογία: Θεωρία - Εφαρμογές" ανταποκρίνονται πλήρως στις ανάγκες της ελληνικής κοινωνίας για καταρτισμένους εκπαιδευτικούς (καθηγητές της Γερμανικής ως Ξένης Γλώσσας, φιλολόγους ΠΕ07) αλλά και επιστήμονες με γνώσεις στο πεδίο της λογοτεχνίας, των τεχνών και του πολιτισμού, που μπορούν να αναπτύξουν τη δράση τους στην δημόσια και ιδιωτική εκπαίδευση, αλλά και να στελεχώσουν οργανισμούς και επιχειρήσεις, ιδρύματα που υπηρετούν τον πολιτισμό, και οι οποιοι μπορούν να λειτουργήσουν ως διαμεσολαβητές γνώσεων και πολιτισμού μεταξύ Ελλάδας και Γερμανίας.
Το ΠΜΣ οδηγεί στην απονομή «Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών» στις ειδικεύσεις «Γερμανική Λογοτεχνία: Ελληνογερμανικές σχέσεις στη Λογοτεχνία, τον Πολιτισμό και τις Τέχνες» και «Διεπαφές Γλωσσολογίας και Διδακτικής» μετά την πλήρη και επιτυχή ολοκλήρωση των σπουδών με βάση το πρόγραμμα σπουδών.